Fehlgärungen entstehen durch eine Veränderung der Darmflora, die meist Gas-, Säure- und Toxinbildungen zur Folge haben. Gasansammlungen und Darmverschlingungen können die Folge sein. Diese äußern sich durch Koliksymptome.
Im Magen und Dünndarm werden Fehlgärungen meist durch die Aufnahme von hygienisch nicht einwandfreiem Futter ausgelöst.
Durch die Fütterung von zu großen Mengen Krippenfutter pro Mahlzeit kann es ebenfalls zu Fehlgärungen im Dickdarm kommen.
Fehlgärungen im Dickdarm entstehen aufgrund der Fütterung von zu viel oder im Dünndarm nicht auf schließbarer Stärke. Bei Fehlgärungen in diesem Verdauungsabschnitt kommt es zum Absterben der Mikroorganismen. Die dabei entstehenden Toxine gelangen über die Blutlaufbahn in die Hufe, wo sie zu Hufrehe führen können.